Приговор по первому делу ЮКОСа был вынесен 31 мая 2005 года. Михаил Ходорковский и Платон Лебедев получили по 9 лет лишения свободы в колонии общего режима. Через несколько месяцев Мосгорсуд слегка смягчил наказания, снизив оба срока на год. Ходорковский был этапирова в колонию города Краснокаменск, Лебедев – в поселок Харп. Однако находились там оба недолго. Уже в декабре 2006-го они были этапированы в СИЗО города Читы для предъявления новых обвинений. Сроки ознакомления с материалами дела неоднократно продлевались, появлялись новые обстоятельства, и казалось, что все это будет длиться вечно. Причем все это происходило на фоне протестов адвокатов. В частности, они утверждали, что следственные действия должны проводиться в Москве – по закону это должно проходить по месту совершения преступления. Оспаривали в суде, суд вставал на их сторону, следственные действия приостанавливались и вновь возобновлялись. Наконец, в феврале 2009 года бывшие руководители ЮКОСа были этапированы в Москву, а уже 3 марта начались предварительные слушания. Суд по мнению некоторых наблюдателей более походил на фарс. Сам Ходорковский называл предъявленные ему обвинения абсурдом. Адвокат бывшего главы ЮКОСа Наталья Терехова сообщила, что его подзащитного обвиняют в хищении всей нефти, добытой с 98 по 2003 год, и задавалась вопросом, каким же тогда образом компания платила налоги, зарплату и прочее. Как бы то ни было, но процесс шел своим чередом – подсудимые пикировались с прокурорами, зал, который даже на этапе чтения обвинительного заключения почти всегда был полон, неоднократно реагировал на все происходящее хохотом. Свидетели обвинения отвечая на вопросы адвокатов и подсудимых, как будто бы становились свидетелями защиты. Кроме того, фактически невиновность подсудимых в Хамовническом суде фактически подтвердили два высокопоставленных свидетеля, которых пригласили адвокаты – Виктор Христенко и Герман Греф. Так или иначе, гособвинение оставалось незыблемым. Прокурор Лахтин столь же невозмутимо зачитывал свои документы, невзирая на смех, которым это сопровождалось и периодический ликбез по экономике, который ему устраивали подсудимые и их адвокаты. И в итоге прокуроры заявили, что считают вину обвиняемых доказанной и попросил суд назначить им наказание.
Сторона обвинения просит признать Михаила Ходорковского и Платона Лебедева виновными, и приговорить каждого к 14-ти годам заключения в колонии общего режима.
Также прокурор просил освободить Ходорковского и Лебедева от наказания по эпизоду о хищении акций Восточной нефтяной компании и их легализации – в связи с истечением срока давности. Тем не менее, прокурор Лахтин заявил, что считает доказанной виновность обоих по этому эпизоду.
Между тем, вице-президент Российского союза промышленников и предпринимателей Игорь Юргенс назвал "позором правосудия"срок, озвученный гособвинением.
По признанию Юргенса, он связывает с 2012 годом большие надежды по поводу Дела Ходорковского и Лебедева.
14 лет – это справедливое наказание для Ходорковского и Лебедева, - считает бывший заместитель генерального прокурора, а ныне - депутат Госдумы Владимир Колесников.
Историк и журналист Николай Сванидзе не видит логики во втором уголовном деле Ходорковского и Лебедева. Сванидзе считает, что если суд назначит то наказание, которое требует прокуратура, это будет постыдным решением.
Сванидзе отменил, что нет никаких препятствий для того, чтобы в случае необходимости открыть против Ходорковского и Лебедева третье и последующие уголовные дела.
